Windows ME est une mise à niveau vers Windows 9x et la majorité des logiciels pour Windows 95 et Windows 98 fonctionnent avec Windows ME. Nous disons «majoritaire» car un logiciel tel qu'un programme antivirus ou tout autre utilitaire conçu pour Windows 9x ne fonctionnera pas (ou ne fonctionnera pas bien) dans Windows ME. La structure des fichiers et les fichiers de configuration ont légèrement changé dans Windows ME. Toutefois, les jeux, programmes et autres logiciels fonctionneront dans Windows ME. Si le logiciel ne fonctionne pas, il devrait avoir une mise à jour lui permettant de fonctionner.